Мы работали над этим проектом в течении пяти лет

Правильно
Мы работали над этим проектом в течение пяти лет.

В течении — это существительное с предлогом, которое обозначает поток чего-либо («В течении реки»). А производный предлог в течение используется, когда речь идет о затраченном времени, и не изменяется по форме — всегда раздельно, на конце е.