Для хранения всех заметок и черновиков использую обычные файлы *.txt, которые хранятся в отдельной папке в Дропбоксе. А вот с ними уже работаю через приложения.

На Виндоус использовал Sublime Text (я и ещё сотни редакторов подсмотрели этот вариант у Ильяхова). На Маке сначала iA Writer, а потом перешёл на Ulysses.

Суть проста: все эти программы — оболочки, в которых работаешь с собственными файлами. Поддерживают маркдаун, настраиваются темы и шрифты, в Ulysses ещё и крутой экспорт. Главное — открываю редактор на весь экран, убираю список файлов и просто пишу. Моя главная проблема — потеря внимания. Если пришло уведомление или мигнул значок в доке, есть риск отвлечься. А такие редакторы как раз помогают не отвлекаться.

После того, как черновик написан, я переношу его либо в Гугл-докс и показываю коллегам, либо отправляю человеку. Даже мелкие сообщения на пару абзацев я сначала прогоняю через Ulysses — чтобы остался файл с текстом. Эта привычка не раз меня спасала.